Ze względu na wysoki poziom edukacji prozdrowotnej wśród wyznawców protestantyzmu, zauważa się znaczący poziom dbałości o zdrowie. Ciało uważane jest za świątynię ducha, więc należy się mu szacunek i troska. W zależności od przynależności wyznaniowej, Kościoły różnią się poglądami w stosunku do niektórych praktyk medycznych.
In vitro
Większość Kościołów protestanckich nie zaleca sztucznego zapłodnienia, ale i nie wyklucza go. Kościół Zielonoświątkowy nie dopuszcza żadnej formy manipulacji materiałem genetycznym. Natomiast Kościół Adwentystów Dnia Siódmego dopuszcza sztuczne zapłodnienie jedynie pod warunkiem korzystania z materiału genetycznego męża i żony.
Kościół Ewangelicko-Augsburski w RP akceptuje stosowanie metody sztucznego zapłodnienia, rozumiejąc ją jako formę wspierania rodziny. Uważają za moralnie dopuszczalne stosowanie metody sztucznego zapłodnienia homologicznego, czyli w sytuacji, gdy nasienie pochodzi od prawnego ojca. Nie wyrażają aprobaty dla korzystania z obcych gamet, tudzież z pomocy matek zastępczych (surogatek).
Według Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego małżonkowie powinni wspólnie podejmować decyzję o kontroli płodności, licząc się ze sobą nawzajem. Podejmowanie moralnych decyzji co do doboru i używania różnych środków w celu kontrolowania płodności musi wpływać ze zrozumienia ich przewidywanego wpływu na zdrowie fizyczne i emocjonalne, sposobu ich działania i kosztów finansowych. Natomiast w Kościele Zielonoświątkowym zaleca się stosowanie metod naturalnej regulacji poczęć.
Aborcja
Protestantyzm reprezentuje bardzo różne postawy wobec aborcji. Ogólnie nie potępia antykoncepcji (z wyjątkiem antykoncepcji hormonalnej „po stosunku płciowym” i innych metod, związanych z niszczeniem zapłodnionej komórki).
Nie istnieje żadna ogólna wykładnia tego problemu, każda grupa wyznawców ustala własny pogląd na zasadzie większościowej.
Kościół Adwentystów Dnia Siódmego uważa, że aborcje których przyczyną jest kontrola urodzin, dokonanie selekcji płciowej czy wygoda, nie są przez Kościół usprawiedliwione. Jednakże w sytuacjach takich, jak poważne zagrożenie życia lub zdrowia kobiety ciężarnej, poważne obciążenia dziedziczne oraz ciąża w wyniku gwałtu czy kazirodztwa, ostateczna decyzja co do przerwania ciąży lub jej utrzymania powinna być podjęta przez kobietę ciężarną, po odpowiedniej konsultacji.
Zaś wyznawcy Ruchu zielonoświątkowego uważają, że aborcja, podobnie jak stosowanie środków wczesnoporonnych, jest grzechem.
Kościół Ewangelicko-Augsburski w RP w oświadczeniu z 1991 roku zdecydowanie opowiedział się za ochroną życia od momentu poczęcia oraz sprzeciwił się stosowaniu środków wczesnoporonnych. Kościół czuje się zobowiązany do wzywania społeczeństwa do podejmowania działań mających na celu ochronę życia, które winny się zaznaczyć m.in. w regulacjach prawnych dotyczących ochrony życia poczętego. Jednak w przypadku zagrożenia życia matki decyzję o aborcji pozostawia rodzicom i lekarzom, ponieważ Kościół nie ma kompetencji, by decydować w takich sytuacjach
Transplantacja narządów i transfuzja krwi
Protestanci podzielają w tej kwestii stanowisko kościoła rzymskokatolickiego, pozytywnie oceniając etyczny wymiar transplantacji oraz wyraźnie i jednoznacznie potępiając komercjalizację pozyskiwania narządów .
Kościoły te zachęcają z jednej strony lekarzy do odważnego i odpowiedzialnego podążania skuteczną do tej pory drogą chirurgii transplantacyjnej, a z drugiej strony zachęcają ludzi do częstszego niż dotąd decydowania się na ofiarowanie swych organów bliźnim.
Eutanazja
Stanowisko protestantów w sprawie eutanazji zostało wyrażone w Białej księdze komisji etycznej Federacji protestanckiej Francji (1991). Stwierdza się, iż ani prawo ani jakakolwiek instancja moralna nie może znieść etycznej odpowiedzialności samego pacjenta, poprzez zalegalizowanie czy też wprowadzenia zakazu eutanazji. Jest to wynikiem przyjętej wyższości etyki odpowiedzialności nad etyką przekonania. Godność osoby, będącej obrazem Boga, sprawia, iż nikt nie może nią dysponować czy też wskazywać jej kryteriów . Czas życia i umierania, to tytuł dokumentu opublikowanego w lutym 2011 r. przez Wspólnotę Ewangelickich Kościołów w Europie (GEKE), który dokonuje analizy zagadnienia eutanazji z punktu widzenia teologicznego, klinicznego, etycznego i prawnego. GEKE stoi na stanowisku zdecydowanej ochrony praw ludzi umierających i śmiertelnie chorych, uwzględniając zwłaszcza prawo do życia do samego końca jak i prawo do rezygnacji z uporczywej terapii. Ponadto, w dokumencie przeciwstawiono się próbom teologiczno-etycznego usprawiedliwiania eutanazji i asystencji przy samobójstwie
Opieka nad pacjentem umierającym
Wyznawcy Kościoła Ewangelicko – Augsburskiego oraz Ewangelicko – Metodystycznego w przypadku zagrożenia życia powinni mieć możliwość kontaktu z duszpasterzem oraz przyjęcia komunii. Udziela się także błogosławieństwa poprzez nałożenie dłoni na głowę chorego i wypowiedzenie formuły „ Błogosławię ci w imię Ojca i Syna i Ducha Świętego, Amen”. Takiego błogosławieństwa udziela duchowny bądź może to zrobić każda osoba wierząca.
W przypadku wiernych Kościoła Zielonoświątkowego oraz Kościoła Chrześcijan Baptystów dokonuje się obrzędu namaszczenia chorych. Polega na nałożeniu rąk, namaszczeniu olejem, modlitwie o uzdrowienie oraz przyjęciem woli Boga. Najważniejszą rolę odgrywa modlitwa. Na życzenie pacjenta odmawiana jest modlitwa oraz udzielana komunia w postaci chleba i wina.
Wierni Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego uważają, że osoby wymagające opieki powinny znajdować opiekę i wsparcie w rodzinie oraz w społeczności współwierzących. Wierzą, że decyzje dotyczące życia ludzkiego mogą być najtrafniej podejmowane w gronie rodziny, po rozważeniu rady lekarza. Gdy osoba chora nie jest w stanie podjąć już decyzji dotyczącej swojego leczenia, decyzję tą podejmuje osoba przez nią wyznaczona, jeśli takowej nie ma, decyzję podejmuje członek rodziny. W przypadkach nagłych, personel medyczny jest zobowiązany do informowania rodziny chorego o podejmowanych interwencjach medycznych.